徳川幕府成立のおり、堀尾吉晴が出雲隠岐の太守として入国し、松江に城を築く時、千手院の僧、長海律師に命じて地鎮祭を行った。この時の様子は「雲陽誌」や藩の右筆平賀隆顕が元禄の頃に書いた「尊照山記」に詳しく記されております。築城に当り本丸の鬼門（北東方向）に当たる此の地に広瀬から当山を移して鬼門封じの寺として建立されました。
　また、裏鬼門（南西方向）としては宍道湖を横断し、現在の松江市玉湯町湯町の報恩寺が建立されております。尊照山記によれば本丸土中に祭事の法具などを収めた旨が記されております。
　昭和二十五年からの松江城解体修理の時、密教法具が出土し、雲陽誌、尊照山記の記述が証明されることと成りました。